İstiklal Mahkemeleri deyince burada bir parantez açmak lazım. Bu mahkemelerde yargıçlık yapan Ali'lerden birinin oğlu olan Altemur Kılıç'a; babasının hukuk nosyonu olup olmadığını sorduğumda şu tipik cevabı vermişti: "Azizim! Sen hangi hukuktan bahsediyorsun? Benim babam askerdi. O mahkemelerde kararlar şöyle verilirdi: Sanıkların idamına! Şahitlerin bilahare dinlenmesine!!!" Ölümden sonra kimi, ne için dinleyecekse!.. İşte böyle bir mahkemenin huzuruna çıkarılıyor. Meczup adamdan, kendisini avaz avaz bağırtan Hoca'nın mektubunu göstermesi isteniyor. Tamamen bir tertip eseri olan bu hadiseden, Hoca ile ilgili olarak ne mektup ve ne de irtibat ortaya çıkmıyor ve takipsiz olarak serbest bırakılıyor. Siyasi takip bütün baskılarıyla devam ediyor ve aranan kan bulunuyor: FRENK MUKALLİTLİĞİ kitabı! Atıf Hoca bu kez, başkanlığını Kel Ali namıyla maruf Ali Çetinkaya'nın yaptığı Ankara İstiklal Mahkemesi'ne celbediliyor. Orada vicdanları kanatan bir muhakeme yürütülüyor. Yapılan bütün isnatlar boş çıkıyor. Eseri basmadan önce kimseye gösterip göstermediği soruluyor. Atıf Hoca; "Eserden sekiz nüsha kopya ettim ve İstanbul Maarif Müdürlüğüne ve Matbuat Umum Müdürlüğüne gönderdim" diyor. Ve tetkik sonucu kendisini tebrik ettiklerini ve resmî neşir müsaadesini verdiklerini ve bunun dosyasında görülebileceğini ifade ediyor. Atıf Hoca devamla: "Bu eserim yayınlandığında bir gazete aleyhimde neşriyat yaptı ve bana hakaret etti. Ben de bu gazeteyi mahkemeye verdim. Aleyhimdeki yazıların hedefi, eserimin zararlı ve zehirleyici olduğu idi. Mahkeme, eserin zararlı olmadığını ve şahsıma yapılan hakaretin ise vaki olduğuna hükmetti. Bu karar da dosyadadır" dedi. Ali'lerin mahkeme heyeti şaşkın ve şaşkınlığı nispetinde öldürme kararındaydı! Günler, çeşitli sanıklara FRENK MUKALLİTLİĞİ kitabından, Şapka Kanunundan sonra kaç adet sattıklarını sormakla geçer ve bunların hiç birisinden doğrulayıcı bir cevap alınamaz... Mahkeme; iddianamenin ve müdafaaların hazırlanması için bir hafta sonraya talik edilir. 2 Şubat 1926 günkü duruşmada savcı, iddianamesini okur ve 23 sanıklı davada; onca idam ve cezalar meyanında; Atıf Hoca için de üç yıl hapis talep eder. Savcının bu talebi, her mahkemede olduğu gibi cezanın en ziyade halidir ve yine her mahkemede olduğu gibi; hakimlerin verecekleri karar da savcının talebinin altında olması gerekir. Bütün sanıklar gibi, dinleyiciler de Atıf Hoca'nın serbest bırakılmasını beklerler. Atıf Hoca, gece hücresinde müdafaasını yazmaya koyulur; birden dalar ve bir rüya görür. Rüyasında Fahr-i Kainat Efendimiz kendisine: "Bana gelmek varken, ne diye uğraşıp duruyorsun?" buyurur. Yazdıklarını yırtar. Ertesi gün olur; mahkemede müdafaadan sarf-ı nazar eder. Ve karar; "... ve İskilipli Atıf'ın idamına!!!" Mahkeme-i Kübra'da görülecek sayısız hesaplaşmanın bir tanesi için daha infaz gerçekleşir...