1992-95 yılları arasında Bosna'daki savaşta 3 milyonun 1 milyonu göç etti. 250 bin Müslüman katledildi. 1992 öncesi Bosna- Hersek'te Müslümanlar çoğunluk idi. Katliam ve göçlerle Müslümanlar yüzde 50'nin altına düştü. Şu anda Müslümanlar yüzde 45, Sırplar yüzde 31'dir. Ülkede Müslüman ve Osmanlı havası hakimdir. Bosna'ya ve Balkanlar'a İslamiyet Osmanlıdan önce geldi ve Osmanlının adaleti ile çoğaldı. Bosna Başmüftüsü Mustafa Çeriç yaptığı konuşmada şöyle dedi: "Biz bu topraklarda ne azınlık ne de göçmeniz. Bu toprakların sahibiyiz ve biz Müslümanız." Aliya İzzetbegoviç 27 Mart 1990 tarihinde Demokratik Hareket Partisini (Stranka Demokratske Akenje) SDA kurdu. Böylece Bosna Hersek'te sosyal demokratikleşme süreci başlamış ve çok partili sistemle tanışılmış oldu. 18 Kasım 1990 tarihinde yapılan ilk çok partili seçimlerde parlamentodaki toplam 240 milletvekilliğinden 86'sını, Bosna Hersek Cumhuriyetinin Başkanlığını ve 7 üyeliğin 3'ünü kazandı. Seçimler sonunda Demokratik Hareket Partisi SDA ve Hırvat Demokratik Birlik Partisi (Hrvatska Demoknatska Zayednica) HDZ ve Sırp Demokratik Partisi (Sırpska Demokratska Stranka) SDS koalisyon hükümeti kuruldu. Ancak tamamen birbirinden farklı üç görüş sebebiyle hükümet hiçbir zaman görev yapamadı. Sırp lideri Miloseviç ile Hırvat Cumhuriyeti Başbakanı Franjo Tudjman, Bosna-Hersek'i bölmek için gizlice anlaştı. 29 Şubat ve 1 Mart 1992 tarihinde referandum yapıldı. Referanduma yüzde 63 katılım oldu. Ve halk Bosna Hersek'in özerkliği ve bağımsızlığına oy verdi. Avrupa Birliği Bosna Hersek'in bağımsızlığını 6 Nisan 1992'de kabul etti. Bosnalı Sırpların lideri ve savaş suçlusu Karadziç ile Sırbistan lideri referandumu ve bağımsızlığı kabul etmediler. Miloseviç ve Karadziç Bosnalı Müslümanlara askerî saldırıya geçtiler. Bosna Hersek Cumhuriyeti, ordusunu ve savaş hükümetini kurma kararı aldı. 2 Mayıs 1992'de Lizbon'da yapılan barış görüşmelerinden dönen Aliya İzzetbegoviç, Başbakan Yardımcısı Zlatko Lagumdziza ve tercüman Sabina, Saraybosna Havaalanında tutuklanınca savaş başladı. Bosna Hersek'e yapılan saldırılarda hastahaneler, morglar, mezarlıklar, caddeler hatta Kovaçi Parkı cesetlerle doldu. Aliya İzzetbegoviç gizlice orduyu silahlandırdı. Müslümanlar yeniden Bosna Hersek'e hakim olunca 1 milyon kişinin Bosna- Hersek'i terk etmesine en az 250 bin Müslümanın katline seyirci kalan ABD devreye girdi ve 21 Kasım 1995 tarihinde Dayton Anlaşmasının imzalanması ile savaş sona erdi.