Her peygamber gibi Zekeriyya aleyhisselâmın da mucizeleri vardır. Bunlardan bazıları şunlardır: Kalemleri, kendi kendine Tevrat'ı yazardı. Zekeriyya aleyhisselâm Beyt-i Makdis'te maiyetinde yetmiş kişi olduğu hâlde Tevrat yazarlardı. Yahudilerin biri gelip dedi ki: - Hak peygamber olsaydın, elinle Tevrat yazmaya muhtaç olmazdın. Sen de elinle yazıyorsun. Emrindekilerle senin aranda hiçbir fark görmüyorum. Hazreti Zekeriyya bu söze çok üzüldü ve meraklandı. Cebrail aleyhisselâm gelip dedi ki: - Ey Zekeriyya, buradan kalkınız! Kaleminize emrediniz, kendi kendine yazsın! Zekeriyya aleyhisselâm, kalkıp, emredince, kalem istenen şeyi yazmaya başladı. O saatte kalem on iki sure yazdı. Bu mucize ile birçok kimse iman etti. Zekeriyya aleyhisselâm, Hazreti Meryem'i terbiyesi altına aldığı vakit, yazılması lâzım gelen kefaletnameyi, kalemsiz, hokkasız yazmıştır. Zekeriyya aleyhisselâm ile Beyt-i Mukaddes hademe ve kayyimlerinden yirmi dokuz kişi arasında, Hazreti Meryem'in kefaleti hakkında meydana çıkan ihtilâf üzerine, herkes kendi kalemini Ürdün suyuna atmışlarken, yalnız Zekeriyya aleyhisselâmın kalemi suyun üzerinde dikili kalmıştır. Ağaçlar, Zekeriyya aleyhisselâmla konuşurlardı. Yahudilerden bir taife kendisini şehit etmek üzere araştırırken ve kendileri de onlardan kaçtığı vakit, bir ağaç; "Ey Allahın peygamberi, gel bende gizlen, seni ben muhafaza ederim!" diye dile gelmişti. Zekeriyya aleyhisselâm su üzerinde yürür ve mübarek ayakları ıslanmazdı. Kendisi için, suda yürümekle, karada yürümek arasında fark yoktu. Zekeriyya aleyhisselâmdan mucize istendiği vakit, yakınlarındaki ağaçlara mübarek eliyle işaret etmiş, ağaçlar, hemen köklerinden kopup, önlerine gelip durmuşlardır.