Sultân Murâd Hân'dan sonra genç yaşta Osmanlı tahtına çıkan Sultân Mehmed Hân, çocukluğundan beri hayâl ettiği İstanbul'un fethi hazırlıklarına hemen başladı. Hazırlıkları kısa zamanda tamamladıktan sonra İstanbul'a doğru hareket ederken, Allah adamlarının da ordusunda bulunmasını istedi. Bu davet üzerine Akşemseddîn, Akbıyık Sultân, Molla Fenârî, Molla Gürânî, Şeyh Sinân gibi meşhûr âlim ve velîler, talebeleriyle birlikte orduya katıldılar. Bilhassa talebeleriyle birlikte orduya katılan Akşemseddîn hazretleri askerlere ayrı bir şevk ve azim veriyorlardı. Kuşatmanın devam ettiği bir sırada Avrupa'dan asker ve erzak getiren gemiler, Osmanlı donanmasının müdâhalesine rağmen, şehre girmeye muvaffak oldu. Kâfirler görülmemiş şenlikler yaparlarken, Müslümanlar üzüntülü idi. Pâdişâha gelen bazı devlet adamları dediler ki: - Bir sofunun (Akşemseddîn) sözüyle bu kadar asker kırdırdın ve bütün hazîneyi tükettin. İşte Frengistan'dan kâfire yardım geldi. Fethetmek ümidi kalmadı. Hüküm Allahü teâlânındır! Bunun üzerine Sultân Mehmed Hân, vezîri Veliyüddîn Ahmed Paşayı, Akşemseddîn'e göndererek; "Şeyhe sor, kalenin fetholmak ve düşmana karşı zafer kazanmak ümidi var mıdır?" dedi. Buna Akşemseddîn hazretleri "Evet" cevabı verdikten sonra, genç pâdişâha bir de mektup gönderdi. Mektûbunda diyordu ki: "Kul tedbîr alır, Allahü teâlâ takdîr eder, hükmü sâbittir. Hüküm Allahü teâlânındır. Velâkin kul, elinden geldiği kadar gayret göstermekte kusûr etmemelidir. Resûlullahın ve Eshâbının sünneti budur." Nihâyet Akşemseddîn hazretlerinin tâyin eylediği zaman geldi. Sultân Mehmed Hân ordunun başına geçerken, hocası Akşemseddîn'den okumak için bir duâ istirhâm etti. Bunun üzerine Akşemseddîn; "Yâ Fakîh Ahmed! diyerek himmet talep eyle!.. Onu vesîle kılarak Allahü teâlâya tazarru ve niyâz eyle" buyurdu. Sonra çadırına giren Akşemseddîn hazretleri, yanına hiç kimseyi koymamalarını istedi ve kapılarını iyice kapattırdı. İstanbul'un fethinin gerçekleşmesi için Allahü teâlâya yalvarıp duâ etmeye başladı. Fâtih Sultân Mehmed Hân, hocası Akşemseddîn'in Allahü teâlâya yalvarıp, duâ etmekte olduğunu görünce, doğruca yerine döndü. Kaleye bakınca surlara tırmanan İslâm askerinin yanında ve önünde ak abalı bir topluluğun da hisâra girmekte olduğunu gördü. Az sonra fethin askeri de surları geçip şehre girdi. Böylece İstanbul'un fethi ve Peygamber efendimizin büyük mucizesi gerçekleşti. Sultân Mehmed kendisini tebrike gelenlere, "Gidiniz, ona gidiniz! Sultan Mehmed benim, ama o benim hocamdır. Şehrin manevî fâtihidir" diyerek hocası Akşemseddin'i işaret ediyordu... Fâtih Sultân Mehmed Hân İstanbul'a girdikten sonra, hocası Akşemseddîn üç gün gözden kayboldu. Bütün aramalara rağmen bulamadılar. Üç gün sonra, Edirnekapı yakınlarında virâne bir yerde ibâdetle meşgûl olduğu hâlde buldular. O zamandan beri bu yere, onun ismine izâfeten "Akşemseddîn Mahallesi" denildi. Fâtih Sultân Mehmed Hân, fethin üçüncü günü Ayasofya'ya gidip, orayı câmiye çevirdi. Burada ilk hutbeyi, Akşemseddîn okudu. Daha sonra tekrar Göynük'e döndü. Manevi derecelerinin yanı sıra tıp alanında da önemli çalışmaları olan Akşemseddin hazretleri, 1459 yılına kadar Göynük'te yaşadı. "Peki o zaman göçeyim" Bir gün küçük oğlu Hamdi Çelebi ile meşgûl olurken hanımına, "Bu küçük oğlum yetim, zelîl kalır; yoksa bu zahmeti, mihneti çok dünyadan göçerdim" dedi. Hanımı, "A efendi! Göçerdim dersin, yine göçmezsin" cevabını verdi. Bunun üzerine Akşemseddîn hazretleri, "Peki o zaman göçeyim" deyip, mescide girdi. Evlâdını topladı. Vasiyetnâmesini yazdı. Helâllaştı, vedâ etti. Yasîn sûresi okunurken sünnet üzere yatıp rûhunu teslim eyledi. Göynük'teki târihi Süleymân Paşa Câmiinin bahçesine defnedildi. Daha sonra oğullarının kabri ile beraber bir türbe içine alındı. Her yıl, Mayıs ayının son pazarında, kalabalık katılımlarla Göynük'te kabrinin başında anma günü tertiplenerek ona karşı olan şükran borcu tazelenmektedir.