Sosyal Sigortalar Kurumuna prim borcu bulunan işverenlerin, bu borçlarını vergi dairelerinden alacak oldukları katma değer vergisinden mahsup edilerek ödenmesine ilişkin yasal düzenleme yapılmış ve uygulamaya konmuştu. Vergi dairelerinden KDV iadesi alacağı olan mükelleflerin alacaklarını zamanında alamamalarından dolayı uğradıkları zararın ve Sosyal Sigortalar Kurumuna tahakkuk eden sigorta primlerinin ödenememesinden doğan kaybın önüne geçilmesi için çıkarılan "Sigorta Prim Borcunun KDV İadesinden Mahsubu" uygulaması yerinde bir karar olmuştur. Devletin bir kurumundan alacaklı diğer kurumuna borçlu olan mükellefleri bürokrasiye boğmadan mahsuplaşma yolu ile rahatlatmayı amaçlayan bu düzenleme uygulamada ciddi sorunlar ortaya çıkarmıştır. Bunun üzerine, 5035 sayılı Kanunun geçici 46'ncı maddesi ile 506 sayılı Sosyal Sigortalar Kanununa eklenen geçici 88'inci maddede, "9.4.2003 tarihli ve 4842 sayılı Kanunun 32'nci maddesi ile 80'inci maddeye eklenen ikinci fıkranın yürürlüğe girdiği tarihe kadar katma değer vergisi iade alacağının prim borçlarına mahsubunu isteyen işverenler (mükellefler) hakkında, vergi dairesine süresinde başvurmuş olmaları kaydıyla, Katma Değer Vergisi mevzuatına göre yapılan mahsup talepleri yerine getirilinceye kadar geçen süre için gecikme zammı uygulanmaz. Uygulanmış olan gecikme zammı tutarları Kurumun bağlı olduğu Bakanlıkça belirlenecek usul ve esaslar çerçevesinde işverenlere nakden veya Kurumun alacaklarına mahsup suretiyle iade edilir." hükmü yer almıştır. Gecikme zammı geri verilecek Kanunun bu hükmüne göre, 24 Nisan 2003 tarihine kadar katma değer vergisi iade alacağının prim borçlarına mahsubunu isteyen işverenlerin (mükelleflerin), ilgili vergi dairesine primlerin ödenmesi gereken sürede başvurmaları ve başvurunun yapıldığı ay içerisinde katma değer vergisi iadesi alacağının bulunması gerekmektedir. Bu hususların kanıtlanması halinde, katma değer vergisi mevzuatına göre yapılan mahsup talepleri yerine getirilinceye kadar geçen süre için gecikme zammı uygulanmayacak, KDV iadesi alacağının vergi dairesince SSK hesaplarına geç aktarılması nedeniyle tahsil edilmiş gecikme zammı tutarları ise işverenlerin varsa SSK'ya olan borçlarına mahsup edilecek, borçları yoksa bu defa işverenlere nakden iade edilecektir. İşverenlerce, 24 Nisan 2003 tarihinden önceki dönemde prim borçlarının KDV iade alacağından mahsubunu teminen ilgili vergi dairesine primlerin ödenmesi gereken sürede başvurulmasına rağmen, başvurunun yapıldığı ayda KDV iade alacağının mevcut olmadığının ve KDV iade alacağının sonraki aylarda hak edildiğinin anlaşılması durumunda, alacağın doğduğu ay da dahil olmak üzere gecikme zammı alınacak, daha sonraki aylar içinse aktarmanın geç yapılması nedeniyle gecikme zammı uygulanmayacaktır. Ödeme süresi uzatıldı... Bilindiği gibi, 506 sayılı Kanunun 80'inci maddesine 4842 sayılı Kanunla eklenen fıkra ile, 24 Nisan 2003 tarihinden itibaren katma değer vergisi iade alacağının mahsubunda, prim borçlarının ödeme süresi 15 gün uzatılmış, dolayısıyla primlerin ödenmesi gereken yasal süre, primin ilişkin olduğu ayı takip eden ay sonu (vade) yerine, bu ayı (vadeyi) takip eden ayın 15'i olarak değiştirilmiştir. Buna göre, 24 Nisan 2003 tarihinden sonra yapılacak mahsup taleplerine ilişkin uygulamada, cari ay prim borçlarının ödeme süresi 45 gün olarak dikkate alınacaktır. Ancak, KDV iade alacağının prim borçlarına mahsubu için SSK'ya başvuruda bulunulup bulunulmayacağı ve başvuru süresi konusunda herhangi bir hükme yer verilmediğinden, mahsubu talep edilen cari ay prim borcu ile ilgili olarak alacak tutarı, ilgili vergi dairesince 45 gün içinde SSK hesabına aktarılmış ise, işverenin Sosyal Sigortalar Kurumuna bu süre içinde başvurusunun olup olmadığına bakılmayacaktır. Sosyal Sigortalar Kurumuna olan borçlarını KDV iade alacaklarından mahsup ettirmek isteyen işverenlere ilgili vergi dairesine ibraz edilmek üzere SSK'dan, borç döküm formu yerine alınan tahakkuk fişi ile doğrudan ilgili vergi dairesine başvurularak mahsup talep edildiği takdirde, ilgili vergi dairesince de kabul edilmesi kaydıyla sadece cari ay prim borçları için geçerli olmak üzere mahsup işlemlerinde prim tahakkuk fişinin kullanılması mümkün bulunmaktadır. Ancak, cari ay prim borçları dışında yasal süresi geçirilmiş prim borçlarının da mahsubunun yaptırılmak istenmesi durumunda borçların ferilerinin (gecikme zammı, kanuni faiz vd.) hesaplanması gerektiğinden, işverenlerin talebine istinaden borç döküm formu düzenlenmesine devam edilecektir. KDV iadesi mahsupları da bu borç döküm formları ile yapılacaktır.