Sosyal Sigortalar 80'inci maddesinde yapılan değişiklikle, SSK prim borçlarının katma değer vergisi iade alacağından mahsubu suretiyle ödenmesi imkanı getirilmiştir. Maddeye göre, katma değer vergisi iade hakkı sahibi kendisinin mal ya da hizmet satın aldığı veya iştirak ya da ortaklık ilişkisi içinde bulunduğu işverenlerin prim borçları için de mahsup talep edebilecektir. Kurumun bağlı olduğu Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı'na, Maliye Bakanlığı'nın uygun görüşü ile bu uygulamadan faydalanacak işverenleri iştigal konusu, işletme türü ve işletme büyüklüğü itibariyle belirlemeye ve lehine mahsup talebinde bulunan işverenlerin prim borcunun ödeme süresini otuz günü aşmamak üzere uzatmaya yetkisi verilmiştir. Konu ile ilgili olarak Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı tarafından "Sosyal Sigortalar Kurumu Alacaklarının KDV İadesinden Mahsup Edilmesine İlişkin Tebliği" 16.09.2003 tarih, 25231 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanmıştır. Bu kez Sosyal Sigortalar Kurumu uygulamaya yön vermek amacı ile 16-302 Ek sayılı genelgeyi yayımlamıştır. Aşağıda söz konusu genelgede belirtilen hususlar açıklanmıştır. İşletme türü ve büyüklük ayrımı yok 506 sayılı Kanunun 80 inci maddesinde belirtilen hükümden yararlanmak için müracaat eden işverenlerin (mükelleflerin) işletme türü, işletme büyüklüğü itibariyle ayrımına gidilmesinin SSK'nın bu yolla tahsil edebileceği alacaklarının kapsamını daraltacağı, dolayısıyla yapılan düzenlemeye aykırı bir sonuç doğuracağı dikkate alınarak, bu konuda işletme türü ve büyüklüğü itibariyle herhangi bir ayrıma gidilmemiştir. Katma Değer Vergisi Kanununa dayanılarak, Maliye Bakanlığı tarafından yapılan düzenlemeler uyarınca katma değer vergisi iade alacaklarını Sosyal Sigortalar Kurumuna olan borçlarına mahsup edilmesini isteyebilecek tüm mükellefler (işverenler) anılan düzenleme kapsamına girmektedir. Prim ödeme süresi uzatıldı Maliye Bakanlığı'nın görüşü doğrultusunda, katma değer vergisi iade alacağının mahsubunda, prim borcunun ödeme süresinin 15 gün uzatılmasına karar verilmiş, dolayısıyla primlerin ödenmesi gereken yasal süre, primin ilişkin olduğu ayı takip eden ay sonu (vade) yerine, bu ayı (vadeyi) takip eden ayın 15'i olarak değiştirilmiştir. Ancak, bu uygulamada vadenin 45 gün olarak uygulanacağı prim borçlarının cari ay borcu olması gerekmekte, başka bir deyişle mahsup işleminin yapıldığı, yani KDV iadesinin Kurum hesaplarına geçtiği tarihte ödeme süresi geçmiş eski alacaklar bakımından vadenin yine bir ay olarak uygulanması ve gecikme zammının da buna göre hesaplanması gerekmektedir. Örneğin, 2003/Temmuz ayında ödenmesi gereken 2003/Haziran ayına ilişkin bildirge muhteviyatı prim borcunun KDV iadesi alacağından mahsubunun istenmesi halinde, söz konusu prim borcu 15 Ağustos 2003 tarihine kadar (bu tarih dahil) ödenirse, yasal süre içinde ödenmiş olacağı için gecikme zammı uygulanmayacaktır. Ancak, bu işyerinin 2003/Mayıs ayına ilişkin prim borcunun da KDV iadesi alacağından mahsubunun yapılması halinde, 2003/Mayıs ayına ilişkin sigorta priminin, 2003/Haziran ayı sonuna kadar ödenmesi gerektiğinden 2003/Mayıs ayı primine, 2003/Temmuz ve Ağustos ayları için iki aylık gecikme zammı uygulanarak mahsup işleminin yapılması gerekmektedir. Bu uygulama, 4842 sayılı kanunun yürürlüğe girdiği 24.4.2003 tarihinden sonra yapılan mahsup işlemleri için geçerli olacak, 24.4.2003 tarihinden önceki dönemde ise KDV iadesi alacağının eskiden olduğu gibi primlerin ödenmesi gereken bir aylık süre içinde Kurumumuza aktarılmış ise gecikme zammı alınmayacak, aksi takdirde gecikme zammı tahakkuk ettirilecektir. Her türlü borçlar kapsamda Uygulama, tüm Kurum alacaklarını kapsamaktadır. İşverenlerin sigorta primi, eğitime katkı payı, özel işlem vergisi, idari para cezası, tasarrufu teşvik kesintisi ve katkı payı, kanut edindirme yardımı ve benzeri ile fer'ileri ve işsizlik sigortası prim borcu ile fer'ileri KDV iade alacağının mahsubu işlemine dahildir. SSK'ya olan borçlarını KDV iade alacaklarından mahsubunu isteyen işverenlere, (kendisinin mal ya da hizmet satın aldığı veya iştirak ya da ortaklık ilişkisi içinde bulunanların) mevcut borçlarını gösteri borç döküm formu verilecektir. Borç döküm belgesi verdikten sonra borçlarını ödeyen işverenlerin KDV iadesi nedeni ile vergi dairesinden gelen tutar geri iade edilir. 16-295 Ek veya 16-297 Ek sayılı Genelgelere göre borçlarını taksitlendiren işverenlerin, bu kapsamdaki taksitlerinin asgari ödeme tutarı ile sınırlı kalmak suretiyle KDV iadesinden mahsup suretiyle ödenmesinin istenilmesi halinde de fazlaya ilişkin KDV iadesinin ilgili vergi dairesine iadesi gerekir Vergi dairelerince ünitelerimize aktarılan KDV iadesinin mahsup işlemi, sigorta primi, işsizlik sigortası primi, eğitime katkı payı, özel işlem vergisi, idari para cezası, tasarrufu teşvik kesinti ve katkı payı, konut edindirme yardımı sıralaması dikkate alınarak yapılacaktır.