Komisyona başvurabilme bakımından sözleşmede iki yol sözkonusudur. Bu iki yoldan biri; sözleşmenin 24. maddesinde yer alan devlet başvurusu, diğeri ise sözleşmenin 25. maddesinde yer alan bireysel başvuru yoludur. Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi'nin 25. maddesinin 1. paragrafında bireysel başvuru şu şekilde yer almaktadır: "İş bu sözleşmede tanınan hakların yüksek akidlerden biri tarafından ihlalinden zarar gördüğü iddiasında bulunan her hakiki şahıs, hükümet dışı her teşekkül veya her insan topluluğu, hakkında şikayet vaki yüksek akid tarafın bu işte Komisyon'un selahiyetini tanıdığını beyan etmiş olması halinde, Avrupa Konseyi Genel Sekreteri'ne sunulacak bir dilekçe ile Komisyon'a müracaat edebilir." Görüldüğü üzere sözleşmeye göre birey, sözleşme ile güvence altına alınmış olan hak ve özgürlüklerini ihlal eden devleti komisyona şikayet edebilmektedir. Ancak bireyin bu hakkını kullanabilmesi için de ilgili devletin, komisyonun bireysel başvuruyu inceleme yetkisini kabul etmiş olması gerekir. İnsan haklarının güvence altına alınmasının temelinde, bireyin devlete karşı korunması amacı yer almaktadır. Dolayısıyla bireyin korunmasını sağlamak için hakkı ihlal eden devletin dışında yaptırımı olan uluslararası bir yargısal kuruluşa şikayet edebilme imkanının sağlanması gerekir. Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi'nin 25. maddesinde yer alan bu bireysel başvuru hakkı, uluslararası hukuk yazarlarının çoğunluğu tarafından, bireyin korunmasına ilişkin hukuk içindeki konumu bakımından önemli bir yenilik olarak belirtilmektedir. Türkiye bu bireysel başvuru hakkını 28 Ocak 1987 tarihinde kabul etmiştir. Dolayısıyla o tarihten bu yana Türkiye'ye karşı yapılan bireysel başvuruların 22 yıllık bir geçmişi bulunmaktadır. 1987 itibarıyla komisyon, Türkiye'ye karşı yapılan başvurulardan bir kısmını kabul edilebilir bulmuş, bir kısmı hakkında raporlar hazırlayarak Avrupa Konseyi Bakanlar Komitesi'ne sunmuş, bazı başvurular için ise Komisyon'un gözetiminde dostça çözüme ulaşılmıştır. Bazı başvuruların çözümüne ilişkin görüşmeler ise halen sürmektedir. Yapılan bazı başvuruları ise Komisyon kabul edilemez bulmuş, kimilerini ise işlemden kaldırmıştır. Türkiye bireysel başvuru bakımından komisyonun yetkisini bazı çekinceler koyarak 3 yıl için kabul etmiştir. Daha sonra bu süre periyodik olarak uzatılmıştır. Komisyon bireysel başvuruları karara bağlarken, komisyonun yetkisine getirilen kısıtlamaların geçerli olup olmadığına bakmaktadır.