Dağlık Karabağ sorununa bağlı olarak Azerbaycan'da siyasi karışıklıklar arttı. Bunun üzerine Muttalibov Mart 1992'de istifa etmek zorunda kaldı. Askeri birliklerin desteğini kazanan Azerbaycan Halk Cephesi yönetime el koydu ve Yüksek Sovyet'in yerini Kasım 1991'de kurulmuş olan Milli Meclis aldı. 1992'deki seçimlerde oyların yüzde 55'ini alarak Cumhurbaşkanı olan Elçibey ekonomik sorunların üstesinden gelemediği ve Dağlık Karabağ savaşına son veremediği için çok geçmeden halk desteğini yitirdi. 1993'te Albay Suret Hüseyinov önderliğinde ayaklanan askeri birliklerin Bakü'ye girmesi üzerine Elçibey Nahcivan'a kaçtı. Eski komünist liderlerinden olan Milli Meclis Başkanı Haydar Aliyev geçici olarak üstlendiği Cumhurbaşkanlığına Ekim 1993'te resmen seçildi. Milli Meclis Başkanlığına Suret Hüseyinov getirildi. Azerbaycan partisi Kasım 1995'teki ilk genel seçimlerde Millet Meclisinde çoğunluğu elde etti. Muhalefete karşı bir ölçüde baskı uygulayarak sağlanan siyasi istikrar, ekonomide de belirli bir düzelme getirdi. Azerbaycan ile Türkiye arasında kurulan yakın ilişkiler Hazar petrollerinin Türkiye üzerinden taşınması projesiyle daha da güçlendi. Kasım 1998'deki Cumhurbaşkanlığı seçimini yüzde 76'lık bir oy oranıyla bir kez daha Aliyev kazandı. Aslında 13 Ağustos 1995'te yeni bir seçim kanunu kabul edilmiş ve 12 Kasımda parlamento seçimleri kararlaştırılmıştı fakat 15 Ekim 1995'teki bir olay seçimleri erteletti. Haydar Aliyev'in azledilen yardımcısı, başkanın oğlu tarafından hazırlanmış bir müstakbel parlamenterler listesi açıkladı. Başkan ve taraftarları bunu inkâr ettiler. Fakat 26 Ocak 1996'da seçimleri kontrolle görevlendirilen Ramiz Mehdiyev beklenmedik bir şekilde böyle bir listenin mevcut olduğunu kamuya açıkladı. Azerbaycan'da başkanlık kuralı kabul edilmiş ve Mayıs 1990'da Ayaz Muttalibov Azerbaycan'ın tarihinde (bir sosyalist Cumhuriyetin) ilk başkanı olmuş 8 Eylül 1991'de genel seçimlerle bağımsız Azerbaycan'ın başkanı olmuştur. 1995'te Aliyev ilk anayasayı kabul etmiştir. Bununla mahalli otoriteler belediyeler kuruluyordu. 1977 Anayasası kaldırılıyordu. 1993'ten sonra siyasi partiler sağ, sol ve merkeze bölündüler. İlk Parti Sosyal-demokrat olduğunu söylerken Haydar Aliyev'in yönetiminin sonunda merkez partisi olduğunu açıkladı. Partilerde gruplar vardı. İlk grup Batı yanlısı, ikinci grup Rus yanlısıdır. Üçüncü grup İslamcıdırlar. İran ve Arap ülkelerinden çok mali yardım alırlar. Haydar Aliev ölünce oğlu İlham Aliyev 2003'te başkan seçildi ülkesini iyi idare etmektedir. Azerbaycan Türkiye'nin bir numaralı dostlarındandır.