Makarios adayı yönettiği yıllarda bile komitacılıktan kurtulamaz, iki kesimi de kucaklayacak yerde EOKA yuvalarını dolaşıp katilleri ayaklandırmaya bakar. Mesela Çiko manastırında yaptığı konuşmada "Sekiz asırdan beri ilk kez Kıbrıs'ın yönetimi elimize geçti. Bu fırsatı kaçırmayalım" derken, Panayia köyünde "Hellenizmin tek düşmanı Türklerdir, onlar adadan kovulmadıkça, görevimiz bitmiş sayılmaz" diye haykırır ki, bu sözler bir Cumhurbaşkanının ağzına yakışmaz. O günlerde Rum liderlerinden Yoannides ve "cellad" lâkaplı Sampson, Makarios'u ziyaret eder, Türkleri "bir gecede yok etme" gibi korkunç bir teklifte bulunurlar. Makarios müdahaleden çekindiği için "bir gecede" kelimesinden ürker, "bıktırma usandırma taktiklerinden" ve "tedrici katliamlardan" yana tavır koyar. Ancak bu terör denilen dert "başla" deyince başlar ama "dur" deyince durmaz. Nitekim Rum Milli Muhafız Ordusunun (bizzat Yunanlı subayların yönetimindedir) desteklediği katiller ortalığı kana boyarlar. Makarios dünya nezdinde puan kaybedince "ayıp olmuyor mu" demeye başlar. Ancak EOKA/B onu kaale almaz. Atina'yla takışınca O günlerde Yunanistan'da iktidarda olan albaylar cuntası "gelenekçi ve kralcı" olduğu için Makarios'tan hoşlanmazlar. Kendini Kıbrıs'ın (ve dahi Yunanistan'ın) kurtarıcısı gibi görmeye başlayan "kara papaz"dan kurtulmaya bakarlar. Komitacılar bildikleri usullerle çalışır önce Lefkoşa'daki Bayraktar Camii'ni bombalar, Türk bölgelerine yönelik saldırıları tekrar başlatırlar. Limasol, Baf, Magosa ve Poli'de yüzlerce Türk ölür, binlercesi yaralanır, halk köylerini terk etmek zorunda kalır. Bunun üzerine Türkiye 13 Şubat 1964'te BM Güvenlik Konseyi'ne bir başvuru yapar. Görüşmeler 4 Mart 1964'te, sonuçlanır, hazırlanan tasarı, Türkiye tarafından "müspet" karşılanır. Karardan Makarios da memnun kalır, zira iki ortaklı Kıbrıs Cumhuriyeti "fiilen" sona erer, Rum yönetimi "Kıbrıs Hükümeti" olarak tanınır. Atina Adadan elini çekmez, muhtemel bir Türk-Yunan savaşında görev vermek için Kıbrıs'ta bir ordu kurar, Grivas'ı yetkilerle donatırlar. Elinden güç giden Makarios çok tedirgin olur ve Grivas'ın geri çağrılması için Yunanistan'a başvurur. Ancak Polikarpos Yorgacis söz konusu orduyu Yunanistan Savunma Bakanı Petros Garufalyas'ın emrine verir, onu muhatap bile almaz. Makarios, Yunanistan'la ipleri koparınca Çekoslovakya'dan külliyetli miktarda "kaçak" silah alır. Gizlice Kıbrıs'a sokar ve Başpiskoposluk binasının bodrum katına depolar. Türk istihbaratı bunu haber alır ve Ankara net bir şekilde "tavır" koyar. İşin enteresan yanı Yunanistan Hükümeti de bozulur ve bu silahların derhal Rum Milli Muhafız Ordusu'na teslimi için süre tanırlar. Orduya karşı polis Makarios kesinlikle uzlaşmaz, Atina'yla köprüleri atar. Cuntacılar da onun başına Nikos Sampson'u sarar, Makarios'u "hain"likle suçlarlar. Makarios kolay teslim olmaz, kendine bağlı militanlardan bir "yedek polis birliği" kurar. Gelgelelim Yunan subaylarının organize ettiği muhalif hareket baskın çıkar. RMMO ve EOKA B, karakolları basar, yedek polis birliklerini tanklarla ezip dağıtırlar. Hatta Makarios'un sarayını bile top ateşine tutarlar. Makarios'u destekleyen AKEL ve EDEK partisi yanlılarını katledip, iktidara el koyarlar. Bu iç savaşta 2000 Rum ölürken, Cuntacılar yaralıları diri diri gömer, aynı kanı taşıyan insanlara dahi acımazlar. (TANEA gazetesi-Papaz Papatsestos'un hatıraları) Darbeciler Makarios güçlerini sindirdikten sonra "Türk kasabı" adıyla ünlenen Nikos Sampson'u koltuğa oturturlar. EOKA B militanları bakan, vali, müsteşar olurlar. Makarios adamlarına "direnin" emri verirken, kendi İngiliz üssüne sığınır ve Malta'ya kaçar. Konuyu BM'ye götürür ve bu kanlı darbeden Yunanistan'ı sorumlu tutar. Rumları dahi kıtır kıtır kesen ihtilalcilerin Türklere "neler yapabileceğini" bilmek için arif olmaya gerek yoktur, işte ordumuz böylesine kritik bir dönemde (Temmuz 74) adaya çıkar. ABD beklendiği gibi ikiyüzlü davranır, Türkiye'ye silah ambargosu uygulamaya başlar. Ancak, bu ambargo çok hayırlı olur, Türk Savuma Sanayii maya tutar. Makarios KKTC içinde huzurla yaşayan Türkleri gördükçe kahrolur, yüreğine mi iner bilemiyoruz ama fazla yaşamaz (1977).