İstanbul'un kuşatıldığı günlerde Kral Konstantin, Patrik Athanasius'u görevden alır, lâkin yerine atama yapmaz. Zira Patrikliğe hak kazanan Gennadionus, İmparator'un aksine bütün Hıristiyanların "Papalık şemsiyesi altında toplanmasına" karşı çıkar. Sırf bu yüzden makamından olur, sürgünler yaşar. Önce senatörlükten sonra vaizlikten azledilince kabuğuna çekilir, gider Pantokrator Manastırı'nda (Zeyrek Camii) Keşişliğe başlar. 29 Mayıs günü Topkapı'yı baltalarla parçalayan Kapıkulu askerleri, önce Edirnekapı sonra Mevlanakapı'daki direnişi kırarlar. Zağanos Paşa Haliç Köprüsünden hücuma kalkar, denizcilerimiz Fener sahillerine çıkarma yaparlar. Cebe Ali Bey komutasındaki leventler Cebeali (Cibali) surlarını kolay aşar, Hamza Bey'in erleri ise Samatya mevkiinden şehre dalarlar. Osmanlılar dört bir yandan gelip Aksaray'da buluşur ve adım adım Ayasofya'ya yaklaşırlar. Sur içinde dikkate değer bir direnişle karşılaşılmaz. Aksine halk yollara çıkar methiyeler dizmeye başlar. Böylesine genç bir sultanla karşılaşmayı beklemiyor olduklarından Akşemseddin hazretlerine hürmette bulunurlar. ? İlk ezan... Sultan Mehmet Han, Ayasofya'ya gelir, ayağına kapanan papazları kaldırır, insanca muamele yapar. Vakit girince bülbül sesli bir müezzin mahfile çıkar. Yanık ve coşkulu Kahire aksanı ile öyle bir ezan-ı Muhammedi okur ki kubbe çın çın çınlar. Mücahidler büyük bir hazla gözlerini yumar, bütün yorgunluklarını unuturlar. Fatih Ayasofya'yı vakıflaştırır ve "ayakta durduğu müddetçe cami kalmasını" arzular. Fethin akabinde büyük şölenler verilir ancak üçüncü günden itibaren askerin ortalıkta dolaşmasını yasaklarlar. Halkın inandığı gibi yaşayabileceği duyurulunca, saklananlar ortaya çıkar. Galiplerle mağluplar yan yana oturur, hayat eskisi gibi akar. Rumlardan kendilerine bir Patrik seçmeleri istenince Gennadionus'u (Kurtesios Skalorios) uygun bulurlar. Fatih onu yemeğe çağırır, asasını eline tutuşturur, tacını kafasına koyar. Osmanlılar Ortodoks kilisesinden vergi almaz, nikâh, defin ve verâset işlerinde serbest bırakırlar. Fetih esnasında camiye çevrilenler hariç, kiliselerini onlara bırakırlar. Gennadianus gördüğü muamele karşısında şaşırıp kalır hatta bir ara Sultanı etkileyebileceğini sanır, ona Hıristiyanlığı anlatacak bir kitap hazırlar. İlerleyen günlerde Sultanın Hıristiyanlığı Hıristiyanlardan iyi bildiğini anlar, yazdıklarını sığ ve cılız bulur kitabı takdimden cayar. İstanbul'un fethi ile Katolikler büyük bir yara alır, Vatikan'ın tesiri azalır. O günden sonra Haçlı Seferi düzenleyemez, krallara hükmedemez olurlar. Artık Ortodoksların da bağımsız Kiliseleri vardır, Papanın peşine takılmazlar. Gennadionus klasik bir Orta Çağ Hıristiyanı olmasına rağmen felsefecilikten kurtulamaz. Hem kilisenin eleştirilmesine karşı çıkar hem de Aristo gibi bir inkârcıya toz kondurmaz. Ancak fethin getirdiği aydınlanma ile skolastik düşünceyi savunan kalmaz. Gennadionus yapayalnız kalır, Serez Manastırına kapanıp keşişliğe başlar. ? Ya Patrikhane? O günlerde Patrikhane Fatih'teki Havâriyyûn Kilisesinde yer alır. Sonra Manastır Kilisesine (Fethiye Câmii) aktarılır. Fener Panakgia, Balat Hagios Dimitrios derken günümüzdeki yerine (Aya Yorgi Kilisesine) taşınırlar Duraklama devrinde patrikler siyâsete bulaşır ve merkezî otoriteyi sarsmak için ellerinden geleni yaparlar. Osmanlılar, ihaneti tespit edilen Patrik lll. Porthenios asar. Ardından Rum çetelerini ayaklandıran onlara yardım ve yataklık yapan II Gregorios'u Patrikhânenin orta kapısında sallandırırlar (1821). Göğsüne astıkları yaftada kendilerine bahşedilen imtiyazları ve işlediği hıyânetleri sıralarlar. Rus himayesiyle Yunan devleti kurulunca (1829) Patrikhanenin hızı artar, Osmanlı topraklarında yaşayan Rumları kışkırtırlar. 1. Cihan Harbinden sonra (1918) Türk topraklarının bir bölümünü Yunanistan'a bağlamak için çalışır, Etnik-i Eterya gibi terörist cemiyetlere kaynak aktarırlar. 16 Mart 1920'de İstanbul'un işgâli üzerine, Patrikhâneye çift başlı kartal (Bizans bayrağı) asar, Ayasofya'yı ele geçirip kubbesine çan ve kapısına Bizans bayrağı takmak isterlerse de Vahideddîn Hanın muhafızlarını karşılarında bulurlar. Kurtuluş Savaşından sonra Patrik Doroteos ve adamları Yunanistan'a kaçar. Millet zor gününde kendisini arkadan hançerleyen patrikhânenin İstanbul dışına çıkarılmasını ister ama Lozan'da Lord Kurzon, İnönü ve Rızâ Nur'u, Patrikhânenin Türk topraklarında durmasına ikna eder ve problem kök salar. Günümüzde Türkiye'de sadece 1500 Rum kalmasına rağmen Patrikhâne, dört metropolitlik (Kadıköy, Adalar, Terkos, Bozcaada) ve onlara bağlı 61 kilise ve 11 manastır ile (çoğunun cemaaati yok) faaliyetini sürdürüyor. Ancak bununla da yetinmiyor -olmayan çocukları için- Ruhban Okulu istiyorlar. Özellikle Sur içinde delicesine mülk alıp yıllar sonrasına yatırım yapıyorlar. Evet, İstanbul'un başkent olduğu yeni bir Roma İmparatorluğu şimdilik hayal gibi görünüyor. Ancak Oryantalizm ve Bizantinoloji üzerine çalışan Avrupalılar yılmıyor, bıkıp usanmadan bu ham hayal için zemin hazırlıyorlar...